第一階段——審核準備：取得領導支持、組建審核小組、制定工作計劃、開展宣傳教育。

第二階段——預審核：進行現狀調研、進行現場考察、評價產物狀況、確定審核重點、設置清潔生產目標、提出和實施無/低費方案。

第三階段——審核：準備審核重點資料、實測輸入輸出物流、建立物料平衡、分析廢棄物產生原因、提出和實施無/低費方案。

第四階段——方案產生和篩選：產生方案、分類匯總方案、研制方案、繼續實施無/低費方案、核定并匯總無/低費方案實施效果、編寫清潔生產中期審核報告。

第五階段——可行性分析：進行市場調查、進行技術評價、進行環境評估、進行經濟評估、推薦可實施方案。

第六階段——方案實施：組織方案實施、匯總已實施的無/低費方案的成果、驗證已實施的中/高費方案的成果、分析總結已實施方案對企業的影響。

第七階段——持續清潔生產：建立和完善清潔生產組織、建立和完善清潔生產管理制度、制定持續清潔生產計劃、編寫清潔生產審核報告。